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水稻浸種時間長短與浸種水溫的高低有關。水溫高浸種時間短，水溫低浸種時間長。如水溫30℃，浸種約需2-3天。水溫20℃，浸種約需3-4天；水溫15℃，浸種約需5-6天；水溫10℃時，浸種約需7-8天。種子吸足水分的特征是：谷殼顏色變深，呈半透明狀，胚部膨大突起，胚乳變軟，手碾成粉，折斷米粒無響聲。一般是自然溫浸種效果好，高溫浸種易使稻殼破肚，稻芽拱土能力弱。

水稻的病蟲害有些是由種子帶菌或帶蟲傳播的，為了殺死附在種子表面和穎殼與種皮之間的病原菌，如水稻惡苗病菌、水稻立枯病菌、稻曲病菌、水稻白葉枯病菌、稻瘟病菌和水稻干尖線蟲等，用浸種消毒的辦法，是防治病蟲害經濟有效的措施，方法簡單易行，容易操作，經濟實惠，有事半功倍的防病治病的效果。

為方便掌握水稻種子消毒藥劑，對幾種主要病蟲害消毒劑簡介如下：防治稻瘟病一般用70％甲基托布津800-1000倍液浸種72小時或1％生石灰水浸種；防治白葉枯病一般用1％生石灰水溶液與防稻瘟病浸種時間相同，強氯精10克浸種3-4千克12小時或41％白惡寧60毫升對水1.8千克浸種15千克；防治立枯病一般用立枯靈、殺枯寧。防治惡苗病一般用50％福美雙1500倍或2000倍咪鮮胺液浸種4-5天。防治干尖線蟲一般用溫湯浸種或用殺蟲雙浸種。